Mejor respuesta:
No dejas claro si tiene una Memoria Flash USB o es un disco rigido externo USB
La fragmentacion solo se da en discos rigidos (es muy raro el error que te da si es una memoria usb)
La fragmentacion es cuando un archivo se parte en pedazos para alojarse en distintos cluster del disco rigido
El disco rigido al ser un disco tipo plato aloja los archivos como le van quedando espacio y no de forma secuencial y a la hora de leer esta fragmetnacion hace que tenga que girar de un lado a otro para que el cabezal del disco rigido se situe en un archivo que esta en 2 o mas partes fisicamente en dicho plato haciendo que el proceso de lectura de dicho archivo se tarde mucho tiempo (y teniendo en cuenta que la PS2 tiene una USB1.0 su baja lectura hara que se corte o de ese error), algo que no ocurre con una memoria usb, no tiene cabezal lector ni un plato que gira como para que un archivo se fragmente. Por lo que un desfragmentador no solucionara tu problema en una memoria USB no soluciona tu problema, en ese caso puede ser una falla en la memoria usb que este leyendo muy lento.
Ahora si tienes un disco duro externo que se conecta por usb, lo que puedes hacer para solucionar el problema es limpiar el disco externo (formatearlo) y luego grabar la iso problematica probarla (esta no estara fragmentada)
y deberia funcionar sin problema, tambien puede probar con el optimizador que tiene el propio windows, este acomodara los archivos de forma secuencial, aunque no te asegura que quede perfectamente desfragmentado.
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